اغلب ماجراها و معماها و جرم و جنایت هایی که به هلمز، در نقش منحصر به فردش در مقام نخستین (و در آن هنگام یگانه) کارآگاه مشاور جهان ارجاع می دادند، ورای امور پیش پا افتاده بود. این معمولا به معنای حضور مجرمانی فوق العاده شرور بود. از میان همه ی کلاه برداران و تبهکاران آثار معتبر، سایه ی یکی از همه سنگین تر بود: پروفسور جیمز موریارتی.

حتی فکر کردن به هلمز بدون یادآوردن پروفسور موریارتی که نامش القا کننده ی انگاره ی مرگ است، ناممکن خواهد بود. این الهه ی باورنگردنی انتقام کیست که آن طور، به گفته ی هلمز، «لندن را احاطه کرده» و با این حال «کسی چیزی از او نمی داند؟» «متفکری انتزاعی» با «مغزی تراز اول» کسیت؟ این شیطان تبهکار نابغه حقیقتا کیست؟ حتی واتسون، نزدیک ترین دوست و یاور هلمز، هرگز چیزی از موریارتی نشنیده بود.
بدگمانی های هلمز
پروفسور موریارتی، با وجود شهرت بسیار زیاد، فقط در سه داستان حضور داشت. او در «اخرین معما» که داستان مواجهه ی مرگ آور او و شرلوک هلمز است، به واتسون (و در نتیجه به خواننده) معرفی می شود. خواننده در «خانه ی خالی» که روایت بازگشت هلمز از جهان مردگان است. از جزئیات وقایع نبرد پایانی آگاه می شود. موریارتی در دره ی وحشت که از پشت پرده جزئیات قتلی انتقام جویانه را کارگردانی می کند نیز ظاهر می شود. زمان وقوع این داستان پیش از وقایع «آخرین معماست»، ولی نخستین مواجهه با موریارتی در «آخرین معماست »که در ذهن مخاطب می ماند.
هلمز پس از سه ماه دوری از خیابان بیکر به خاطر پرونده ای مربوط به «دولت فرانسه در مورد موضوعی فوق محرمانه»، ناگهان با انگشتانی خون آلود و وحشت زائد الوصفی از تفنگ های بادی، دوباره، به خانه باز می گردد. روزی هولناک و مخوف را پشت سر گذاشته و از چندین اقدام به ترور گریخته و اکنون که بازگشته، فکر می کنند وقت آن است که حقیقت را به واتسون بگوید.

هیچ کس بهتر از هلمز دنیای جنایتکاران را نمی شناسد، اما او با پیشرفت ها در این حرفه، متوجه الگوهایی در فعالیت های مجرمان می شود که سبب سوظن او می شود. کارآگاه کبیر به واتسون می گوید:«طی سال هایی که گذشت، همواره به نیرویی که در پس جنایت است، هوشیار بودم، نیروی سازمان دهنده ای که تا ابد سر راه قانون قد علم خواهد کرد و سپرش را در پیش قوای شر خواهد گرفت.»
وسعت این نیرو می بایست بی اندازه زیاد باشد. پس از آنکه هلمز از وجود آن آگاه می شود، تأثیر منحوسش را در همه جا می بیند «بارها در تمام انواع پرونده ها- پرونده های جعل اسناد، سرقت، قتل – حضور این نیرو ر ا حس کرده ام.» هلمز این نیرو را فقط در پرونده های خود نمی بیند، بلکه آن طور که به دوستش می گوید:«تأثیرش را در بسیاری از پرونده های لاینحل جنایی که شخصا در آن ها طرف مشورت نبوده ام، استنباط کرده ام.»
حال مسئول این تشکیلات کیست؟ هلمز از واتسون می پرسد:«احتمالا هرگز چیزی در باره ی پروفسور موریارتی نشنیده ای؟» و واتسون پاسخ می دهد:«هرگز»
هلمز فریاد می زند:«آری، نابغه ای وجود دارد و شگفتی در این است»

حرفه ی آغازین و برجسته ی پروفسور موریارتی
پروفسور جیمز موریارتی حرفه ی غیرعادی خود را به عنوان «مردی نجیب زاده و با تحصیلات عالی» آغاز کرد. جیمز جوان در سال های اولیه «در زمینه ریاضی به طور خارق العاده ای مستعد بود» آن چنان در ریاضی پیشرفت کرد که در 21 سالگی «رساله ای در خصوص قضیه ی معادله ی دو جمله ای نوشت که به کارگیری آن در اروپا رواج یافته است.»
موریارتی به اتکای کارش روی معادله ی دو جمله ای، کرسی ریاضیات را در دانشگاهی کوچک به دست آورد. در همین زمان، وی دومین موفقیتش را به سبب چاپ اثری جدید با عنوان The Dynamic Of Asteroid به دست آورد. کتابی که به گفته هلمز:«در زمینه ی ریاضیات محض به چنان جایگاه رفیعی می رسد که هیچ فردی در نشریات علمی قادر به نقد آن نیست»
نابغه ی واقعی، همان طور که هلمز بیان کرد. موریارتی «درخشان ترین آینده ی شغلی را پیش روی خود» داشت؛ ولی بعد همه چیز تغییر کرد.
رسوایی منجر به تغییر شغل
در آثار دویل مشخص نشده که این نابغه جوان و با استعداد ریاضی در کدام دانشگاه تدریس می کرده، ولی هرکجا بوده، یک جای کار مشکل به وجود آمده است. آن طور که هلمز اظهار میکند، «در شهر دانشگاهی شایعات مرموزی اطرافش شکل گرفت و در نهایت وی مجبور به استعفا از کار خود و آمدن به لندن شد.» با توجه به آنکه هلمز اطلاعات بیشتری ارائه نمی کند، خوانندگان صرفا می توانند حدس بزنند که «شایعات مرموز» چه بوده است.
موریارتی در لندن مربی ارتش شد. نوعی معلم خصوصی. این کار برای استادی معروف که دو اثر چاپ شده داشت، تنزلی بزرگ محسوب می شد. با درآمد معلم خصوصی نمی توان زندگی مرفهی داشت. در دره ی وحشت مشخص می شود که موریارتی در جایگاه استاد دانشگاه سالانه 700 پوند درآمد داشته که بد نبوده است؛ ولی مسلما درآمد گزافی هم محسوب نمی شود. درآمد او در شغل مربی خصوصی باید از این هم کمتر بوده باشد.
با این حال، به کاری دیگر نیز مشغول بوده است، چرا که استطاعت خرید نقاشی از ژان باتیست گروز را داشته است. موریارتی توانایی پرداخت صورت حساب ها وقبوض خود را با سرمایه ای که در شش بانک متفاوت ذخیره کرده بود، داشته است.
حتی از آن شگفت آور تر آنکه وی دستمزد معاون دست راستش، سرهنگ سباستین موران را با مبلغ نجومی سالانه 6 هزار پوند می پرداخت. هلمز می گوید:«درآمد او بیشتر از حقوق نخست وزیر است. این موضوع باعث می شود درباره ی درآمد موریارتی و ابعاد کاری که انجام می دهند، فکر کنیم.»
پس بنابراین «کار» های او چه بودند؟ این استاد با مغز خارق العاده اش چه می کرده است؟ او در شهر کوچک دانشگاهی چه می کرده که مردم به او مشکوک شده اند؟ چرا باید به لندن نقل مکان می کرد؟ هلمز می تواند ما را آگاه کند:
«واتسن، او ناپلئون جنایت است. سازمان دهنده ی نیمی از اعما شیطانی و تقریبا تمام پرونده های سربه مهر در این شهر بزرگ، او یک نابغه است. یک فیلسوف، یک متفکر مجرب و خبره. مغز تراز اولی دارد. مانند عنکبوتی بی حرکت وسط تاری که تنیده، می نشیند؛ ولی آن تار هزاران ارتعاش دارد و او به خوبی از همه ی آن ها با خبر است. خودش کار زیادی نمی کند. فقط طراح نقشه هاست.»

پیشینه تبهکاری پروفسور موریارتی
ظاهرا سازمان دهی ، قدرت منحصر به فردی بود که پروفسور موریارتی به تشکیلات جنایی اش تزریق کرده بود. پیش از پروفسور موریارتی، تشکیلات و سازمان های جنایی و خانواده های مافیایی و انواع دارودسته های جنایتکار وجود داشتند، ولی او با استعداد منحصر فه فردی که داشت، موفق به خلق تشکیلات سازمان یافته ای شد که پیشینیان از پس آن برنیامده بودند.
تحقیقات هلمز او را از چگونگی کارکرد این تشکیلات آگاه کرد. او در «آخرین معما» به واتسون می گوید:«گماشته هایش متعدد و به خوبی سازمان یافته اند. اگر باید جرمی صورت بگیرد، سندی دزدیده شود یا مثلا، از خانه ای سرقت شود یا شخصی حذف شود، مسئولیت به عهده ی پروفسور خواهد بود، نقشه طراحی می شود و کار به انجام می رسد.»
تشکیلات موریارتی آن چنان خوب سازمان یافته که اگر اشتباهی صورت گیرد یا یکی از تبهکاران دستگیر شود، مبلغی برای وثیقه و دفاع از وی کنار گذاشته شده است. هلمز می گوید:«البته قدرت مرکزی که گماشته ها را به کار می گیرد، هرگز گرفتار نخواهد شد. هرگز آن قدر که باید مورد ظن قرار نمی گیرد.»
این نظام جنایی بسیار جالب توجه، هلمز را بر آن داشت تا با تحسینی توام با اکراه، موریارتی را «بزرگ ترین توطئه گر در تمام اعصار، سازمان دهنده ی همه اعمال شیطانی، مغز متفکر دنیای جنایتکاران و مغزی که می تواند تقدیر ملت ها را بسازد یا تخریب کند» بخواند. این کار اقدامی هولناک و جسورانه بود. همان طور که موریارتی در نخستین دیدار از دو دیدار رودررو، (دیدار نخست در خیابان بیکر بود و دومین دیدار بر لبه ی پرتگاه آبشار رایشنباخ) به هلمز گفت:«تو نه فقط سر راه یک نفر، بلکه سر راه تشکیلاتی قدرتمند ایستاده ای که با تمام ذکاوت خود قادر به درک وسعت آن نیستی.»
و همان طور که هلمز به واتسون می گوید:«این تشکیلاتی بود که کشفش کردم، واتسون و تمام توانم را برای افشا و نابودی اش گذاشتم»